Pada awal berdirinya, sekolah ini bernama SMA Negeri Model Terpadu Madani yang sebagai inisiator pendirinya adalah Bpk. Prof. Drs. H. Aminudin Ponulele, M.Si (alm) (Selaku Gubernur Sulteng Pada Saat itu) dan yang kedua Ibu Dra. Hj. Uhra Lamarauna, M.Si (Selaku Kepala Dinas Pendidikan Daerah Provinsi Sulteng saat itu). Dibangun tahun 2004 dan diresmikan tahun tgl 18 agustus tahun 2005, sekaligus dilaksanakannya penerimaan siswa baru yang pertama. Kondisi murid pada tahun pertama berjumlah 18 orang. SMA Negeri Model Terpadu Madani dalam pembinaan dilaksanakan oleh Dinas Pendidikan Daerah Propinsi Sulawesi Tengah.
Pada awal berdirinya sekolah ini dipimpin oleh Bpk. Drs. Zulkifli Radjamuda, M.Ed sebagai pelaksana harian Kepala Sekolah, tahun 2007 Drs. H. Ibrahim Janat, M.Pd sebagai kepala sekolah SMA Negeri Model Terpadu Madani Palu yang baru. Berbagai macam prestasi yang dihasilkan oleh SMAN Madani pada saat itu, prestasi yang didapat baik dari skala Provinsi, Nasional sampai dengan Internasional.
Di bawah pimpinan Bapak Drs. H. Ibrahim Janat, M.Pd pada tahun ajaran 2010/2011 SMA Negeri Model Terpadu Madani Palu mendapat kepercayaan dari Direktorat Pembinaan SMA menjadi RSBI (Rintisan Sekolah Bertaraf internasional).
SMAN Model Terpadu Madani saat ini bersama SMA yang lain berada pada pengelolaan Dinas Pendidikan Propinsi Sulawesi Tengah Pada Cabang Dinas Wilayah I Kota Palu dan Sigi.
Pimpinan sekolah sejak didirikan sebagai berikut:
- Drs. Zulkifli Radjamuda, M.Ed (pelaksana harian) (2005-2007)
- Drs. H. Ibrahim Janat, M.Pd (Alm), (2007-2011)
- Anas Syakir, M.Pd. (2012 – 2017)
- Drs. Abd. Kadir, M. Pd, (2017- 2022)
- Dahlan Moh. Saleh, S.Pd., M.Si (2022 – sekarang)
SMAN Model Terpadu Madani saat ini (2022-2023) menyelenggarakan Kurikulum 2013
Mulai tahun 2023-2024 direncanakan akan melaksanakan Implementasi Kurikulum Merdeka jalur Mandiri Berubah